Spravovat platby faktury lze v kartě faktury hned dvěma způsoby:

V kartě faktury kliknout na "Upravit údaje faktury" a v zobrazeném detailu formuláře zaškrtnout "Zaplacena celá částka". Tím se k faktuře připíše platba rovna ceně, kterou zbývalo zaplatit a faktura se označí jako uhrazená. Zároveň se vyplní datum v kolonce "Uhrazeno", faktura se zamkne a není dále editovatelná.

Platby je možné přidávat i jednotlivě. Ve spodní části karty faktury, v sekci "Přijaté platby" po kliknutí na tlačítko "+" lze přidávat jednotlivé platby. Po každé přidané platbě Flou přepočítá, kolik zbývá uhradit a kolik bylo již uhrazeno. Jakmile bude součet plateb roven ceně faktury, označí se jako uhrazená, zamkne se a není dále editovatelná.

Je možné kombinovat oba způsoby spravování plateb. U částečně zaplacené faktury se po kliknutí na "Zaplacena celá částka" dorovná neuhrazená částka.